La Unidad Académica Preparatoria C.U. Mochis surge para cubrir la necesidad de la población por contar con una institución de nivel medio superior que de continuidad a los estudios de los egresados de secundaria y así poder ingresar a instituciones del nivel superior.
La Preparatoria C.U. Mochis fue fundada en Septiembre de 1971 con la finalidad de preparar Técnicos en Observación Meteorológica, con el nombre de Escuela de Meteorología. En sus inicios funcionó en el plantel de lo que actualmente es la Preparatoria Mochis e integrada a ella, independizándola y trasladándose a Ángel Flores e Independencia Altos, en el año de 1973, siendo sus fundadores el Profr. Agustín Cortés Escanes y el Capitán de la Fuerza Aérea Enrique Branchetti.
La escuela funcionó preparando Observadores Meteorológicos hasta el año de 1978 cuando se incluyó el Bachillerato y se empezaron a preparar alumnos que egresarían como Bachiller y Técnico en Observación Meteorológica, que los capacitaba para trabajar en la rama de la meteorología, además de poder continuar estudios superiores. Este plan de estudios se amplió de dos a tres años la duración de la carrera. A mediados de 1981 la escuela se traslada a las instalaciones de Ciudad Universitaria siendo la primera escuela en hacerlo.
En 1993, después de una serie de cambios en el marco social y tecnológico, se implementó el Bachillerato como única opción, mismo que fue aprobado en Mayo de 1993 por el H. Consejo Universitario y la escuela tomó el nombre de Escuela Preparatoria de Ciudad Universitaria de Los Mochis de la Universidad Autónoma de Sinaloa, por encontrarse en Ciudad Universitaria aprobándose por el H. Consejo Universitario el 19 de octubre de 1994.
Actualmente la Preparatoria C.U. Mochis ofrece los estudios de Bachillerato Escolarizado en los turnos matutino y vespertino con tres fases especializadas: físico-matemático, químico-biólogo y sociales-humanidades; y Bachillerato Semiescolarizado con dos fases: Ciencias naturales y exactas, y Ciencias Sociales y humanidades con una duración de dos años. El programa de bachillerato semiescolarizado nació a finales de 2005 mediante un convenio con la Secretaria de Seguridad Pública del Municipio de Ahome con el objetivo de ofrecerle la preparatoria a los agentes de seguridad pública al cual se le unieron trabajadores del IMSS, ISSSTE, PGR, IFE y de diversas empresas del municipio de Ahome.
En 2009 se hace una revisión al plan de estudios del bachillerato escolarizado, donde se promueven los Programas de Tutorías y Orientación educativa, entre otros; cambios que en 2011 se replicarían en el bachillerato semiescolarizado.
Desde octubre de 2007 la Universidad Autónoma de Sinaloa ha hecho un fuerte esfuerzo en repuntar la calidad de toda su infraestructura, aspectos de procesos de aprendizaje, alumnos, profesores, vinculación y entorno social, plan de estudios, administración del programa, objetivos y fundamentación. Primeramente se establece un convenio con el Consejo Nacional para la Evaluación de la Educación Media Superior (CNAEEMS), para evaluar el bachillerato de nuestra máxima casa de estudios, y después la migración al paradigma de aprendizaje por competencias para el ingreso masivo de las preparatorias al Sistema Nacional de Bachillerato (SNB) a través de la evaluación por parte de COPEEMS. Este largo proceso culmina en la Preparatoria CU Mochis el 2 de Febrero de 2013, fecha en que es evaluada con éxito pues la Unidad Académica entró satisfactoriamente al Sistema Nacional de Bachillerato.
Dicho proceso trajo cambios significativos a nuestra Unidad Académica, pues las autoridades universitarias destinaron recursos para cubrir las necesidades en todos los aspectos básicamente en infraestructura, rubro del que siempre adoleció la Preparatoria CU Mochis, mismo que se ha atenuado poniendo a nuestra preparatoria como una de las que mayor demanda y calidad probada tienen en el municipio.